2011年9月アーカイブ

lincRNAs act in the circuitry controlling pluripotency and differentiation

Mitchell Guttman,^{1, 2} Julie Donaghey,¹ Bryce W. Carey,^{2, 3} Manuel Garber,¹ Jennifer K. Grenier,¹ Glen Munson,¹ Geneva Young,¹ Anne Bergstrom Lucas,⁴ Robert Ach,⁴ Laurakay Bruhn,⁴ Xiaoping Yang,¹ Ido Amit,¹ Alexander Meissner,^{1, 5, 7} Aviv Regev,^{1, 2, 7} John L. Rinn,^{1, 5, 7} David E. Root^{1, 7} & Eric S. Lander^{1, 2, 6}

担当：岡部

Tet Proteins Can Convert 5-Methylcytosine to 5-Formylcytosine
and 5-Carboxylcytosine

Shinsuke Ito,1,2* Li Shen,1,2* Qing Dai,3 Susan C. Wu,1,2 Leonard B. Collins,4 James A. Swenberg,2,4
Chuan He,3 Yi Zhang1,2†

DNA中の5-methylcytosine(5mC)は、遺伝子発現や遺伝子刷り込み、トランスポゾンの抑制に重要な役割を果たしている。5mCはTet蛋白により5-hydroxymethylcytosine(5hmC)に変換される。今回、Tet蛋白が5hmCに加え、酵素活性依存的に、5mCから5-formylcytosine(5fC)や5-carboxylcytosine(5caC)を生成し得ることを示した。さらに、マウスES細胞とマウス組織のゲノムDNAに5fCと5caCが存在することを示し、ゲノムが含む5hmC、5fC、5caCはTet蛋白の過剰発現や欠乏により増減を示した。従って、Tet蛋白の産物として、以前知られていなかったゲノムDNAの2つのシトシン派生物を特定した。このstudyは、DNA脱メチル化が、Tetによる酸化・脱炭酸を通して起こっている可能性を示している。

担当：白井

Mir193b-365 is essential for brown fat differentiation

Sun L, Xie H, Mori MA, Alexander R, Yuan B, Hattangadi SM, Liu Q, Kahn CR, Lodish HF

Nat Cell Biol. 2011 Jul 10

• Mir193b-365 is a bicistronic transcript miRNA enriched in brown fat tissue.

• The function of Mir193b-365 is general regulator of adipogenesis in white and brown fat cells and supporting the development of brown fat cells by regulating several adipogenesis markers ( Adipoq, Cebpα, Fabp4 and PPARγ) and brown fat-enriched markers (PPARα, PGC-1α, Dio2, Ucp1, PRDM16 and Cidea).

• Mir193b directly interacts with Runx1t1 mRNA as predicted target site and downregulation of Runx1t1 partially explains the role of Mir193b during adipogenesis.

• Mir193b-365 can directly repress myogenesis, thereby contributing to the regulation of brown fat versus muscle lineage determination.

• Mir193b directly interacts with Cdon and Igfbp5 as predicted target sites which are previously implicated as pro-myogenic factors.

• Mir193b can induce brown fat adipogenesis in C2C12 myoblast cells by upregulating adipogenic factor (PPARγ and Cebpα) and promoting common adipogenesis marker and brown fat selective marker, and also repressing myogenic marker (Pax3 and MyoD)

• Mir193b-365 is regulated by PRDM16 by inducing expression of PPARα/RXR (retinoid-X receptor) binding sites within segment of Mir193b.

担当：Royhan

Integrative Regulatory Mapping Indicates that the RNA-Binding Protein HuR Couples Pre-mRNA Processing and mRNA Stability.
Mukherjee N, Corcoran DL, Nusbaum JD, Reid DW, Georgiev S, Hafner M, Ascano M Jr, Tuschl T, Ohler U, Keene JD.
Mol Cell. 2011 Aug 5;43(3):327-39. Epub 2011 Jun 30.
 
Transcriptome-wide Analysis of Regulatory Interactions of the RNA-Binding Protein HuR.
Lebedeva S, Jens M, Theil K, Schwanhäusser B, Selbach M, Landthaler M, Rajewsky N.
Mol Cell. 2011 Aug 5;43(3):340-52. Epub 2011 Jun 30.

Mukherjee et al.とLevedeva et al.の２つのグループからPAR-CLIP (photoactvatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation)　法によるRNA安定化因子HuR結合部位解析についての論文が報告された。HuR結合部位は主に3'UTRに見られたが、驚くことに30%程度はイントロンに結合していることが新たに分かり、HuRのRNAプロセッシングにおける関与が示された。3'UTRのHuR結合部位はmiRNAの結合部位とはオーバーラップしないが近位にあることがわかった。HuRのsiRNAを用いたmRNA-seqでのトランスクリプトーム解析により、PAR-CLIPで同定されたHuRターゲット遺伝子について、HuRによるmRNA安定化作用、オルタナティブスプライシング制御が確認できた。またPAR-CLIPと従来のRIP-chipを比較すると、70%程度がオーバーラップしていることがわかった。

担当：堀内