GeneChip システム

GeneChip法

Affymetrix社のオリゴヌクレオチドマイクロアレイシステムで、半導体技術である光リソグラフィーを利用し、様々な25merの配列を固相化学合 成する。現在(2006年末現在)の技術では1枚あたり5um四方のfeature（スポット）を600万個合成することが出来る。 現在のところ研究室で行っている代表的なアレイとアプリケーションは以下の通りである。

1. 3' labeling Expression Array
   　 遺伝子の3'端にprobeを合成して網羅的遺伝子発現解析を行う。癌の発現解析の他、個体間の発現差解析、Toxicogenomicsにも用いている。
2. Exon Array
   　 予測遺伝子を含め現在データベースにある大部分のエクソンにprobeを設計してある。癌や発生臓器におけるスプライスバリアント解析に用いている。
3. Genotyping Array
   全ゲノムで50万箇所のSNPをはさむようにprobeが設計してあり、ゲノムをラベリングしてハイブリさせる。SNPタイピングによる疾患関連解析の他、癌のコピー数変異解析やコピー数多型(CNV)解析にも用いられる。
4. Promoter Array
   遺伝子の転写開始点付近の周辺10Kbpの配列について25merのprobeを35bp間隔で敷き詰めて(tileして)ある。DIP- Chip(DNA Immuno-precipitation Chip)によるメチル化解析の他、CHIP-Chip(Chromatin Immuno-precipitation Chip)による転写複合体、クロマチン構造の解析にも用いられる。
5. Tiling Array
   全ゲノムの配列をリピート等を除いて35bp間隔間隔でprobeが設計されている。
   上記同様DIP-Chip,CHIP-Chip解析に用いられる。ゲノムの1%をより高密度で敷き詰めたENCODE arrayもある。