DNAを断片化しアダプターに連結させ、フローセルの表面に張り付け。
貼り付けたDNA断片を鋳型にPCRを行いフローセル上局所にDNA断片のクラスターを作成する。
ATGC4種の塩基を標識する蛍光色素を用いて1塩基ずつ伸長しスキャンして読み取る(Seaquencing-by-synthesis)。これを30回行うことにより一度に1Gbpを超える配列を取得可能である。