study_meetingの最近のブログ記事

Jmjd3 Inhibits Reprogramming by Upregulating Expression of INK4a/Arf and Targeting PHF20 for Ubiquitination

Wada (2013年3月 7日 15:01)
Jmjd3 Inhibits Reprogramming by Upregulating Expression of INK4a/Arf and Targeting PHF20 for Ubiquitination
Cell, Volume 152, Issue 5, 1037-1050, 28 February 2013

（担当：大沢）

Diabetes Risk Gene and Wnt Effector Tcf7l2/TCF4 Controls Hepatic Response to Perinatal and Adult Metabolic Demand

Wada (2013年3月 7日 15:00)
Diabetes Risk Gene and Wnt Effector Tcf7l2/TCF4 Controls Hepatic Response to Perinatal and Adult Metabolic Demand
Sylvia F. Boj,1 Johan H. van Es,1 Meritxell Huch,1 Vivian S.W. Li,1 Anabel Jose´ ,2,3 Pantelis Hatzis,1,7 Michal Mokry,1
Andrea Haegebarth,1,8 Maaike van den Born,1 Pierre Chambon,4 Peter Voshol,5 Yuval Dor,6 Edwin Cuppen,1
Cristina Fillat,2,3 and Hans Clevers1,*
Cell 151, 1595-1607, December 21, 2012

（担当：鶴谷）

Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps Identified by STARR-seq

Wada (2013年3月 7日 14:59)
Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps Identified by STARR-seq
Cosmas D. Arnold, Daniel Gerlach, Christoph Stelzer, Łukasz M. Boryń, Martina Rath, and Alexander Stark
Science 1 March 2013: 1074-1077.Published online 17 January 2013

（担当：堤）

Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine and chromatin marks in Mammalian neurogenesis

Wada (2013年3月 7日 14:57)
Dynamics of 5-hydroxymethylcytosine and chromatin marks in Mammalian
neurogenesis.
Cell Rep. 2013 Feb 21;3(2):291-300. Epub 2013 Feb 9.
Hahn MA, Qiu R, Wu X, Li AX, Zhang H, Wang J, Jui J, Jin SG, Jiang Y,
Pfeifer GP, Lu Q.

胎児マウスの脳において、神経新生の際の 5mC および 5hmC を検討。
・神経新生では、神経機能関連遺伝子における 5hmC が増加する。
（Nav2, Robo1, Dab1, Dclk1, Tbr1 など）
・上記の過程において、5hmC の増加とともに、H3K27 トリメチルはプロモーターおよび
gene body で低下する。
・5mhC は増加するが、DNA の脱メチル化へは進展せず、神経においては 5hmC は恒常的
な epigenetic mark のようである。
・EZH2, Tet2, Tet3 の発現を乱すことにより神経分化が障害されることから、5hmC の増
加と H3K27me3 の低下が協調して脳を分化させていると考えられる。

（担当：穴井）

MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification

Wada (2013年2月 7日 14:56)
MaxQuant enables high peptide identification rates, individualized p.p.b.-range mass accuracies and proteome-wide protein quantification.
Cox and Mann.
Nat Biotechnol 26:1367, 2008

（担当：上田）

STATs Shape the Active Enhancer Landscape of T Cell Populations

Wada (2013年2月 7日 14:54)
STATs Shape the Active Enhancer Landscape of T Cell Populations
Cell, Volume 151, Issue 5, 981-993, 21 November 2012
Golnaz Vahedi1, Hayato Takahashi1, Shingo Nakayamada1, Hong-wei Sun2, Vittorio Sartorelli3, Yuka Kanno1, 4, Go To Corresponding Author,   and John J. O'Shea1, 4

（担当：伊沢）

Olig2 targets chromatin remodelers to enhancers to initiate oligodendrocyte differentiation

Wada (2013年2月 7日 14:52)
Olig2 targets chromatin remodelers to enhancers to initiate oligodendrocyte differentiation
Cell, Volume 152, Issue 1, 248-261, 17 January 2013



（担当：相原）

Suppression of the antiviral response by an influenza histone mimic

Wada (2013年2月 7日 14:51)
Suppression of the antiviral response by an influenza histone mimic
Marazzi et al.
Nature 483:428, 2012

（担当：塩野）

The COMPASS Subunit Spp1 Links Histone Methylation to Initiation of Meiotic Recombination

Wada (2013年1月17日 14:49)
The COMPASS Subunit Spp1 Links Histone Methylation to Initiation of Meiotic Recombination

Laurent Acquaviva, Lóránt Székvölgyi, Bernhard Dichtl, Beatriz Solange Dichtl, Christophe de La Roche Saint André,Alain Nicolas, and Vincent Géli

Science 11 January 2013: 215-218.


（担当：末弘）

Global changes in the nuclear positioning of genes and intra- and interdomain genomic interactions that orchestrate B cell fate.

Wada (2013年1月17日 14:47)
Global changes in the nuclear positioning of genes and intra- and interdomain genomic interactions that orchestrate B cell fate.
Nat Immunol. 2012 Dec;13(12):1196-204.
Lin YC, Benner C, Mansson R, Heinz S, Miyazaki K, Miyazaki M, Chandra V, Bossen C, Glass CK, Murre C.

ゲノムは、転写が不活性な区画や活性化している区画に局在する、ドメイン構造に折りた
たまれている。私たちはB cell developmentの過程におけるドメイン構造を示すため、ゲノ
ムワイドな方法を用いた。Structured interaction matrix analysisによって、構造タンパク質
であるCTCFがドメイン内相互作用と関連し、分化過程で制御されているドメイン内、ド
メイン間相互作用はp300や転写因子E2A、PU.1が関連していることが示された。次に私た
ちはearly B cell developmentの過程で核内局在が変化する一連の遺伝子を確認した。前駆
細胞では、early B cell factor (Ebf1)をコードする不活性な領域は核ラミナに隔離されてお
り、細胞の多能性を維持している。Pro-B cell stageへの分化後、Ebf1と他の遺伝子はB細
胞特異的な転写を示す新しいドメイン内、ドメイン間相互作用を形成するため、区画を移
ることが示された。

（担当：岡部）
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