I took part in "Systems biology meeting 2012" held in Cold Spring Harbor Laboratory. I will report the summarized information of the meeting at today's journal club.
（担当：野村）
2012年4月アーカイブ
Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
Filippakopoulos P, Picaud S, Mangos M, Keates T, Lambert JP, Barsyte-Lovejoy D, Felletar I, Volkmer R, Müller S, Pawson T,Gingras AC, Arrowsmith CH, Knapp S.
Cell. 2012 Mar 30;149(1):214-31.
ヒトのブロモドメインを網羅的に結晶構造解析した。
1031個コンストラクトを作成し、最終的に33個のBRD結晶構造を得た。
各種ヒストン修飾に対する各ブロモドメインのアフィニティを調べるため、
SPOT Assay （ペプチドアレイ）に 6x His タグ付きのBRDをふりかけて
シグナルを測定した。
・SBDDのターゲットとなりえる新規結晶構造３３個取得
・単一のBRDが複数のヒストン修飾を認識しうる
（担当：山本）
Nuclear Matrix Factor hnRNP U/SAF-A Exerts a Global Control of lternative Splicing by Regulating U2 snRNP Maturation.
Xiao R, Tang P, Yang B, Huang J, Zhou Y, Shao C, Li H, Sun H, Zhang Y,
Fu XD.
SourceState Key Laboratory of Virology, College of Life Sciences, Wuhan
University, Wuhan, Hubei 430072, China.
Mol Cell. 2012 Mar 9;45(5):656-68. Epub 2012 Feb 9.
CLIPseqによりhnRNP UがintronやsnRNAなどのnon-coding
RNAに多く結合しており、U2 snRNPのmaturationを制御し
ていることがわかった(hnRNP UのノックダウンでU2 snRNP
のmaturation form, 17S U2 snRNPが増加する）。さらに、
hnUNP Uをノックダウンすると、snRNPのmaturationを促進
する場であるCajar bodyが増加することがわかった。
hnRNP Uをノックダウンした細胞を用いたRNA seqの結果、
多くの遺伝子においてオルタナティブスプライシングが
inclusion, skippingともに変化することがわかり、U2 snRNP
の増大によるindirectなものであると考えられた。カセットエ
クソン（オルタナティブスプライシングでスキップされるエク
ソン）と両側のエクソンでのsplice site strenghtと、exon
inclusion, skippingの割合を比較すると、alternative 5'
splice sitesの強度と相関があった。
（モデル）alternative 5' splice sitesが弱い場合、alternative
3' splice siteのrecognitionも低下するので、exon definition
も弱くなりskipが起こる。一方、 alternative 5' splice sitesが
特に弱くない場合はU2 snRNPの増大によりrecognitionさ
れやすくなりinclutionsされる。
（担当：堀内）
Down-Regulation of Type I Runx2 Mediated by Dexamethasone Is Required for 3T3-L1 Adipogenesis
Zhang YY, Li X, Qian SW, Guo L, Huang HY, He Q, Liu Y, Ma CG, Tang QQ.
Mol Endocrinol. 2012 Mar 15.
Runx2は3T3-L1 preadipocyteでは発現しているが、脂肪細胞分化の過程で劇的に減少する。
その機序として、GR(glucocorticoid receptor)がHDAC をrecruitmentしRunx2の転写を抑制することがわかった。
また、Runx2はp27を介して脂肪細胞のmitotic clonal expansionを阻害することで、脂肪細胞分化に抑制的に作用していた。
（担当：山崎）
