2011年12月 8日
Sensitive and specific single-molecule sequencing of 5-hydroxymethylcytosine.
Sensitive and specific single-molecule sequencing of 5-hydroxymethylcytosine.
Nat Methods. 2011 Nov 20. doi: 10.1038/nmeth.1779.
Song CX, Clark TA, Lu XY, Kislyuk A, Dai Q, Turner SW, He C, Korlach J.
Nat Methods. 2011 Nov 20. doi: 10.1038/nmeth.1779.
Song CX, Clark TA, Lu XY, Kislyuk A, Dai Q, Turner SW, He C, Korlach J.
<NGS による 5hydroxymethylcytosine シーケンシング>
5-hmC 特異的に化学修飾を施し、それを Pacific Biosciences 社の第3世代シーケンサで
検出する手法が開発された。
手順としては、まず 5-hmC の水酸基にアジドを有するグルコシル基を付加し、次にク
リックケミストリーを利用してジスルフィド結合を含むリンカーを介したビオチンを結
合させる。そしてストレプトアビジンビーズでエンリッチしたのち還元剤を作用させて
ビオチンを外す。するとシトシンにはグルコシル基を含む嵩高い修飾が残り、その状態
で SMRT (Single-Molecule Real-Time) DNA シーケンシングにかけると、修飾を受けたシ
トシンにおいてのみ塩基シグナルの間隔が延長し、5-hmC があった部位として同定でき
る、という仕組み。
(担当:山本(-))