2009年3月23日

ゲノムワイド・エピゲノム解析

今回のエピゲノム勉強会は、ゲノムワイドな解析とエピゲノムの解析です。
昨年度にでた重要論文２編を総括的に読むのと、今年の最新論文２編紹介します。



1.Integrating large-scale functional genomic data to dissect the complexity of yeast regulatory networks.
Zhu J, Zhang B, Smith EN, Drees B, Brem RB, Kruglyak L, Bumgarner RE, Schadt EE.
Nat Genet. 2008 Jul;40(7):854-61. Epub 2008 Jun 15.

Zhuらは、遺伝子型データ、転写因子結合部位データおよびタンパク質間の相互作用データを組み合わせたベイジアンネットワークが最も予測能が高いこと、そして遺伝子発現の「ホットスポット」の調節因子を同定するために用いることができることを報告している。（井原研）



２.Genome-wide screen reveals APC-associated RNAs enriched in cell protrusions.
Mili S, Moissoglu K, Macara IG.
Nature. 2008 May 1;453(7191):115-9.
 参考レビューRNA localization and polarity: from A(PC) to Z(BP).
Mili S, Macara IG.
Trends Cell Biol. 2009 Feb 27. [Epub ahead of print]
Millらは移動しつつある繊維芽細胞を偽足と細胞質にわけ、ゲノムワイドのRNAスクリーニングにかけたとき、偽足部分に５０を超えるmRNAが濃縮されることを確認し、これらの偽足内mRNAの固定におけるAPC（家族性大腸腺腫症）遺伝子というがん抑制遺伝子の予測外の役割を発見した。それから１年後のレビューも含めて、mRNA局在における議論を再検討してみたい。（ゲノムサイエンス）



3. Structural basis for G9a-like protein lysine methyltransferase inhibition by BIX-01294.
Chang Y, Zhang X, Horton JR, Upadhyay AK, Spannhoff A, Liu J, Snyder JP, Bedford MT, Cheng X.
Nat Struct Mol Biol. 2009 Mar;16(3):312-7. Epub 2009 Feb 15.

Ｇ９Ａ阻害薬の解析。我々のエピゲノム創薬の勉強に役立てたい（エピゲノム創薬担当）

4. Regulation of Set9-mediated H4K20 methylation by a PWWP domain protein.
Wang Y, Reddy B, Thompson J, Wang H, Noma K, Yates JR 3rd, Jia S.
Mol Cell. 2009 Feb 27;33(4):428-37.

酵母でH4K20のme1に選択的に結合するタンパクドメインがみつかった。これはset9のPWWPドメインで、set9はH4K20me3を作るメチル化酵素である。するとPr-SET7でH4K20me1が作られると、 set9などがめ２、め３を生み出す（エピゲノム創薬担当）